کارگاه تخصصی آنالیز داده های  نسل نوین توالی یابی

Next Generation Sequencing (NGS) Data analysis workshop

 

با ظهور تکنولوژی هایی که تحت عنوان نسل نوین توالی یابی شناخته می شوند، حجم بالایی از داده ها و اطلاعات در دسترس پژوهشگران علوم زیستی و متخصصین تشخیص مولکولی قرار گرفته است.  شاید بتوان بزرگترین چالش این تکنولوژی ها را مدیریت حجم بالای داده ها (در سطح ژنوم، ترانسکریپتوم و پروتئوم) دانست. در این کارگاه تلاش می شود تا مراحل مختلف آنالیز و  همچنین چالش های پیش رو در تفسیر داده های نسل نوین توالی یابی در سطح ژنوم و ترانسکریپتوم بررسی شود. شرکت کننده پس از شرکت در این کارگاه مهارت داده کاوی و آنالیز داده ها را از مرحله دریافت داده های خام تا تفسیر نهایی کسب می کند.

اطلاعات کارگاه:

برگزارکننده

جهاد دانشگاهی خراسان رضوی، معاونت آموزشی

مدرس

دکتر حسین طوسی

دکترای تخصصی بیوانفورماتیک از دانشگاه تهران

تاریخ برگزاری

29 الی 31 فروردین 1397

مکان برگزاری

مشهد، سه راه ادبیات، مجتمع دکتر شریعتی، کارگاه کامپیوتر شماره 2

مدت زمان کارگاه

18 ساعت ( هر سه روز از ساعت 9 الی 12 و 13 الی 16)

هزینه کارگاه

250 هزار تومان

ظرفیت

حداکثر 20 نفر

سرفصل ها

و محتوای  کارگاه

 روز اول: آموزش آنالیز داده  های خام (fastq) به داده های  annotated

quality control (FastQC), adaptor clipping, quality trimming

Read mapping: alignment methods

Usage of important NGS toolkits (samtools, BEDtools)

Visualization of mapped reads (IGV, UCSC)

DNA variant calling

Filtering DNA variants

روز دوم: تکمیل مباحث روز اول و بررسی پایپ لاین های تخصصی تفسیر توالی

Pipelines for detection of large duplications and deletions

Clinical interpretation of whole exome sequencing data

روز سوم: کاربرد NGS در ترانسکریپتومیکس و تفسیر داده های RNA-Seq

Fundamentals of RNA-seq

Isoform expression and transcriptome assembly

Deferential expression

Functional annotation

interpretation

گروه های هدف

اعضای هیات علمی، کارشناسان، دانش آموختگان، دانشجویان و پژوهشگران کلیه رشته ها و گرایش های زیست شناسی، علوم پایه پزشکی، دامپزشکی، کشاورزی و منابع طبیعی، مهندسی پزشکی، و مهندسی کامپیوتر

مسئولین فنی و کارشناسان آزمایشگاه های تشخیص مولکولی، آزمایشگاه های تحقیقات زیستی و شرکت های تولید فراورده های بیولوژیک

پیشنیاز

دانش پایه زیست شناسی مولکولی

آشنایی با مفاهیم مقدماتی NGS، انواع پلت فرم ها، استراتژی ها، داده ها  و کاربردهای آن

آشنایی اولیه با سیستم عامل لینوکس و خط فرمان های آن

امتیازات

اعطای گواهی نامه معتبر از جهاد دانشگاهی

توضیحات

جهت ثبت نام در کارگاه از روی نوار منوی بالای صفحه گزینه ثبت نام را انتخاب نمایید. این گزینه شما را به صفحه مرکز آموزش های تخصصی جهاد دانشگاهی وارد می کند. در قسمت پایین صفحه  در قسمتی که با عنوان مرکز مشخص شده است «مرکز شریعتی»، در بخش کارگروه «سمینار و کارگاه‌ها» و در بخش طبقه بندی «کارگاه NGS» را انتخاب نمایید و پس از طی کردن مراحل از طریق همین سامانه ثبت نام خود را تکمیل نمایید.

لطفاً ضوابط ذکر شده در مراحل ثبت نام، به ویژه ضوابط مربوط به انصراف از کارگاه را با دقت مطالعه فرمایید.

از آنجایی که کارگاه در مرکز کامپیوتر مجتمع شریعتی برگزار می شود برای حضور در کارگاه به کامپیوتر شخصی نیاز نمی باشد، اما شرکت کنندگان می توانند فرآیند آنالیز داده ها را بر روی یک حافظه جانبی (USB-disk) اجرا نمایند تا هر زمان با اتصال به کامپیوتر شخصی خود به نتایج و ابزارهای بیوانفورماتیک دسترسی داشته باشند. در این صورت می بایست سیستم عامل لینوکس و فایل ها و برنامه های لازم، از قبل بر روی USB-disk آماده سازی شود. بدین منظور لطفاً هماهنگی های لازم را با دبیرخانه کارگاه انجام نمایید. لازم به ذکر است تهیه USB-disk به عهده شرکت کننده می باشد.

شرکت کنندگان در این کارگاه می بایست آشنایی مقدماتی با مفاهیم NGS و سیستم عامل لینوکس و خط فرمان های آن را داشته باشند. چنانچه تعداد قابل ملاحظه ای از شرگت کنندگانی که ثبت نام قطعی نموده اند، تمایل به برگزاری کارگاهی جهت آموزش مفاهیم مقدماتی را داشته باشند، این پیشنیازها در قالب یک کارگاه یک روزه پیش از کارگاه اصلی به صورت رایگان برای این افراد برگزار خواهد شد.

این کارگاه شامل دو نوبت پذیرایی میان وعده می باشد.

ارتباط با دبیرخانه

آدرس: مشهد، سه راه ادبیات، مجتمع دکتر شریعتی، مرکز آموزش‌های تخصصی کوتاه مدت بزرگسالان شماره 1 جهاد دانشگاهی خراسان رضوی.

شماره های تماس: 38430024-051| 09120299155

 

دی ان ان evoq, دات نت نیوک ,dnn
دی ان ان